Deze eeuw
In 2000 werd er na lang aandringen van de VN, door Hun Sen ingestemd met instelling van een Buitengewoon Tribunaal voor de Berechting van Misdaden tijdens het Rode Khmer-bewind van Pol Pot. Ook de rol van de Verenigde Staten en de hele internationale gemeenschap zou bekeken moeten worden, maar dat was een brug te ver. Met de latere Amerikaanse presidentskandidaat senator John Kerry werd er toen een compromis gesloten, waarin overeengekomen werd dat alléén de voormalige Rode Khmer-leiders berecht zouden worden. Uiteindelijk bleven de belangrijkste Rode Khmer-leiders echter in vrijheid en keerden zelfs terug in de politiek. Duidelijk werd hoeveel steun het verderfelijke regime van Pol Pot van de Verenigde Staten en China had gekregen. In totaal ging het om honderden miljoenen dollars. Eind mei 2000 werd de regering beloond voor de oprichting van het tribunaal. Op de jaarlijkse donorconferentie in Parijs werd Cambodja 548 miljoen dollar hulp beloofd. Het bleef echter onrustig in Cambodja. Hun Sen werd een laks beleid inzake omstreden grenskwesties verweten en de ongeveer 100.000 in Cambodja levende Vietnamezen waren hun een doorn in het oog. Cambodja werd in 2000 jaar ook getroffen door ernstige overstromingen. Er vonden 173 mensen de dood en de schade aan de landbouw en de infrastructuur werd geschat op 50 miljoen dollar. Van de belangrijkste zes Rode Khmer-leiders zaten in 2001 alleen Kang Kek Iev, beter bekend als Deuch (hoofd van het martelcentrum Tuol Sleng) en Ta Mok (berucht generaal van de Rode Khmer) gevangen. De anderen waren nog steeds op vrije voeten. China oefende achter de schermen grote politieke en economische druk uit om de eerste zitting van de rechtbank te verdagen. In 2001 zegde de groep van donorlanden, onder leiding van de Wereldbank, Cambodja US$ 615 miljoen steun toe. In augustus 2001 werden de voorverkiezingen gehouden voor de hoofden van de administratieve dorpsgemeenschappen. Opmerkelijk was dat sinds meer dan twintig jaar ex-leden van de Rode Khmer en de Cambodjaanse Volkspartij de belangrijkste posities op lokaal niveau innamen. Politiek geweld was aan de orde van de dag, vooral tegen leden van de oppositie. Ook dat jaar waren er weer veel problemen met het tribunaal. De regering van Hun Sen weigerde belangrijke waarborgen te garanderen op het gebied van de onafhankelijkheid, onpartijdigheid en objectiviteit van de Cambodjaanse rechters. Beruchte misdadigers van het Rode Khmer-regime waren nog steeds niet veroordeeld en belangrijke leiders als Ieng Sary en Khieu Sampan leiden een ongestoord en comfortabel leven. De economie deed het slecht in 2002. De donorhulp daalde met 25% en de buitenlandse schuld steeg tot meer dan 3 miljard dollar. Belangrijke economische sectoren als de kledingindustrie en het toerisme groeiden niet meer en zorgden voor een sterke daling van de algemene groei. Op de ranglijst van meest corrupte landen bereikte Cambodja een van de hoogste plaatsen. Internationaal ontstonden spanningen nadat leden van minderheidsgroeperingen uit Vietnamese grensprovincies hun toevlucht hadden gezocht in Cambodja als gevolg van de sinds begin 2001 heersende politieke onrust in de Centrale Hooglanden van Vietnam. Twee locaties in Cambodja werden aangewezen om de overige vluchtelingen tijdelijk op te vangen met steun van de VN-vluchtelingenorganisatie UNHCR. In juni 2002 vertrokken ongeveer 900 vluchtelingen naar de Verenigde Staten waar zij politiek asiel kregen.
In 2003 ontstonden er grote problemen met Thailand tijdens de verkiezingscampagne van de parlementsverkiezingen van 27 juli 2003. Het draaide allemaal om de vermeende Thaise oorsprong van Angkor Wat. De Thaise ambassade werd in brand gestoken en Thailand verbrak tijdelijk alle banden met Cambodja. De regeringsleiders van beide landen wisten na onderling overleg erger te voorkomen. De vrij rustig verlopen verkiezingen werden vervolgens gewonnen door de Cambodjaanse Volkspartij (CPP) met 73 van de 123 zetels. Hierdoor kon premier Hun Sen nogmaals acht jaar aan de macht blijven. Toch was er om te kunnen regeren een coalitieregering nodig, maar dat had veel voeten in de aarde. Ranariddhs FUNCINPEC en de Sam Rainsy Partij (SRP) weigerden aanvankelijk, maar onder druk van koning Sihanouk gingen beide partijleiders akkoord met een coalitieregering onder leiding van Hun Sen. Ranariddh werd beloond met het voorzitterschap van het parlement en een lid van de SRP werd vice-voorzitter. Op 11 september 2003 werd tijdens de ministersconferentie van de Wereldhandelsorganisatie (WTO) in het Mexicaanse Cancún besloten dat Cambodja en Nepal, als eerste arme landen, als lid konden toetreden. De SARS-epidemie die in 2003 o.a. Vietnam en China trof, had ook ernstige gevolgen voor Cambodja. De toeristenindustrie liep miljoenen dollars aan inkomsten mis waardoor de economische groei wederom achterbleef. In de daarop volgende jaren bleef Hun Sen bezig zijn greep op de macht te versterken. De FUNCINPEC verloor sterk aan invloed. In juli 2008 claimde Hun Sen de overwinning in de parlementsverkiezingen. EU waarnemers rapporteerden dat de verkiezingen niet aan de internationale standaarden hadden voldaan. In februari 2009 werd voormalig Rode Khmer leider Duch berecht in Phnom Penh. In 2010 kwam het tot een veroordeling: een gevangenisstraf van 35 jaar. In 2012 werd deze straf omgezet in levenslang. In de jaren 2012 en 2013 waren er spanningen aan de grens met Thailand. In juli 2013 waren er weer presidentsverkiezingen. Hun Sen kreeg een nieuwe termijn van vijf jaar. In september 2013 waren er massale protesten tegen het resultaat van de verkiezingen. De oppositie boycotte de opening van het parlement. Twee van de laatste nog levende Rode Khmer-leiders zijn 7 augustus 2014 in Cambodja veroordeeld tot levenslange gevangenisstraf. Voormalig president Khieu Samphan (83) en de voormalige plaatsvervangend secretaris-generaal Nuon Chea (88) maakten zich volgens de rechter schuldig aan uitroeiing waaronder moord, politieke vervolging en andere onmenselijke daden, zoals massadeportaties en aanvallen op de menselijke waardigheid.